Au niveau de chaque grand bassin hydrographique, le Comité de Bassin est présidé par un élu local. Il est composé de représentants des collectivités, des usagers, des associations de l’Etat. Le système des comités de bassin vise à assurer une coordination et une représentativité des acteurs. Tous les usagers sont représentés : industriels, grands aménageurs régionaux,agriculteurs, pêcheurs et aquaculteurs, tourisme, activités nautiques,producteurs d’électricité, distributeurs d’eau,…
Le Comité de Bassin contribue à l’élaboration du SDAGE, le document stratégique qui répond aux attentes de la DCE. Le secretariat du Comité de Bassin Rhin-Meuse est assuré par l’Agence de l’eau Rhin-Meuse.