Le Gouvernement central est localisé à Paris, mais l’Etat est représenté au niveau départemental et régional par le Préfet. Les Préfets de Département et les Préfets de Région sont les seuls titulaires de l’autorité de l’Etat sur les territoires qu’ils administrent. Le Préfet représente le Premier Ministre et chacun des Ministres. ll est responsable de la coordination des services de l’Etat et est le chef de l’ensemble des services déconcentrés de l’Etat.
Le Préfet de Région est désigné ”préfet coordonnateur de bassin”. Il approuve le Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) élaboré par le Comité de Bassin. Il adopte le Programme de Mesures correspondant. Le Comité de bassin a son siège dans la même région.